Bereits seit 1742 wurde am Standort der heutigen Brennerei an der Lagavulin Bay Whisky hergestellt. Die erste legale Brennerei wurde jedoch erst 1816 durch John Johnston gegründet, im folgenden Jahr kam eine weitere durch Archibald Campbell gegründete hinzu: Ardmore, nicht zu verwechseln mit der Brennerei Ardmore in Kennethmont, zu der keinerlei Bezug besteht. Nachdem beide Brennereien in den Besitz von Donald Johnston gerieten, wurden diese 1837 zur heutigen Brennerei Lagavulin zusammengelegt. 1927 kam die Destillerie zur Distillers Company Limited (DCL), die die operative Führung 1930 an ihre Tochter Scotish Malt Distillers (SMD) delegierte. Von 1908 bis 1960 gab es auf dem Gelände noch eine weitere Brennerei: Malt Mill von Peter Mackie. Heute befindet sich in ihrer Mälzerei das Besucherzentrum. Die Destillerie war in der Vergangenheit mehrfach für kurze Zeit stillgelegt: 1918, 1941 bis 1945 und 1952 bis 1953.